A los 47 años, Teresa inicia una tercera etapa pues sale del convento de la Encarnación para fundar el Carmelo de San José con la ayuda de cierta cantidad de dinero que le remitió desde el Perú uno de sus hermanos.
Esta primera fundación será una aventura burocrática y humana con muchos altibajos: su confesor aprueba un día y reprueba otro, el Provincial apoya con entusiasmo, para luego retirarse, y el Obispo que nunca había dudado de Santa Teresa, llegado el momento titubea. En un momento parece que todo fracasa y Teresa, siempre obediente, se retira a su celda sin nada poder hacer, aunque Doña Guiomar de Ulloa y el Padre Ibáñez logran de Roma la autorización.

Por obediencia parte entonces a Toledo varios meses, para consolar a la viuda Luisa de la Cerda. Esta distancia favorecerá los progresos del monasterio de San José de Ávila, que continúan con mayor discreción, a escondidas, a pesar de los rumores.

Comienza aquí una intensa actividad de Santa Teresa que sólo termina con su muerte, en la que compaginará el gobierno de su orden, con las fundaciones de nuevos conventos y la redacción de sus libros, sin perder nunca el buen ánimo ni la esperanza, en la confianza de que no era su voluntad lo que estaba cumpliendo y que le llegarían los apoyos que necesitara, como así fue en todo momento.

Fundó en total 17 conventos:

Ávila (1562), Medina del Campo (1567), Malagón (1568), Valladolid (1568), Toledo (1569), Pastrana (1569), Salamanca (1570), Alba de Tormes (1571), Segovia (1574), Beas de Segura (1575), Sevilla (1575), Caravaca de la Cruz (1576), Villanueva de la Jara (1580), Palencia (1580), Soria (1581), Granada (1582) y Burgos (1582), en el año de su muerte.

Supo que en Granada se había fundado el decimosexto convento de carmelitas, y uno de descalzos en Lisboa.

El decimoséptimo de descalzas lo fundó ella en Burgos, donde escribió sus últimas fundaciones, incluyendo la de dicha ciudad. Saliendo de Burgos pasó por Palencia, Valladolid, cuya priora la echó del convento, Medina del Campo, cuya priora también la despreció, y Peñaranda.

Al llegar a Alba de Tormes (20 de septiembre) su estado empeoró. Recibido el viático y confesada, murió en brazos de Ana de San Bartolomé la noche del 4 de octubre de 1582 (día en que el calendario juliano fue sustituido por el calendario gregoriano en España, por lo que ese día pasó a ser, viernes, 15 de octubre). Su cuerpo fue enterrado en el convento de la Anunciación de esta localidad, con grandes precauciones para evitar un robo. Exhumado el 25 de noviembre de 1585, quedó allí un brazo y se llevó el resto del cuerpo a Ávila, donde se colocó en la sala capitular; pero el cadáver, por mandato del Papa, fue devuelto al pueblo de Alba, habiéndose hallado incorrupto (1586). Se elevó su sepulcro en 1598; se colocó su cuerpo en la capilla Nueva en 1616, y en 1670, todavía incorrupto, en una caja de plata.

Su vida es fiel reflejo de lo que avisaba a sus monjas: que las gracias recibidas en la oración son para darnos fuerza en servir a los demás. Aunque Teresa es conocida por lo elevado de las gracias místicas y visiones que recibe, su oración no la aparta del mundo, sino que hace que se entregue con especial fuerza y respaldo a las obras que le son encomendadas sufriendo en viajes, discusiones y continuas trabas, burlas y desplantes de sus contemporáneos.

Fue beatificada por Pablo V en 1614, canonizada por Gregorio XV en 1622, y nombrada doctora de la Iglesia Universal por Pablo VI en 1970. La primera mujer de las tres actuales doctoras de la Iglesia.

Las otras son Santa Catalina de Siena y otra carmelita descalza: Santa Teresita del Niño Jesús.